minGW でなきゃならない、ってことは無いので cygwin でも問題ないはず。
現にウチでは問題ないし。
まあなんにせよ minGW が欲しいのなら
http://www.mingw.org/
> exeファイルはできるのですがなぜかcommand not foundとなってしまいます。
どう作った？どう起動した？
UNIX 系 OS ではセキュリティ的配慮として、標準設定では
カレントディレクトリはコマンド検索パスに含まれない。
#1621 と同様 gcc -o mycalc y.tab.c lex.yy.c と入力したのであれば
(cygwin の場合) a.exe というファイルが作成される。
これを起動しようとして a<enter> と入力しても command not found になる。
$ ./a.exe <enter> のように どっと すらっしゅ を明示指定し、
「カレントディレクトリにある a.exe を起動する」とするとよいはずだ。