>その中で１点、スレッド形式をトップ画面とした場合、最新の投稿があった場合でも
>どこに投稿があったのかが番号では判断が難しく、何か別の方法で最新という事を
>表示できないかと考えています。
最新の投稿があったスレッドは上位に表示したい、ということですよね。
以下で紹介しているソースにおいて、
http://kmaebashi.com/programmer/bbs_dev/thread.html
58: $sql_str = sprintf("select * from message where boardid='%s' and parent is null ",
59: $board_id);
このSQLが、スレッドのルートを生成しています。
その続きで、order byをかける際に、(スレッドのルートの投稿の)serialidでorder by
しているのが現状の仕様です。
63: $sql_str .= sprintf("order by serialid desc limit 0, %d",
64: $range);
なので、messageテーブルに1列足して、スレッドごとの最終更新時刻を持てるようにして
(parent is nullのレコードだけでよいので)、
それでorder byすればよいかと思います。